1983년 이후 우리나라 텃새인 황새가 충청북도 음성군에서 절멸되고, 1996년 이후 한국교원대학교 사육개체군이 설립되며, 황새의 사육 개체군은 약 160개체까지 인공증식 후 사육관리 되어왔다. 2015년 9월 이후, 재도입 초기단계에서 사육 개체군의 수는 급격하게 감소될 수 있으며, 이에 따른 사육 개체군의 유전적 다양성 관리를 통한 보충·강화가 필수적이다.
2014년 이후, 우리나라 황새의 사육 개체군은 한국교원대학교와 예산군 예산황새공원에 공간적으로 분리되어 사육관리되고 있다. 제1차 방어(First Defense) 전략으로 멸종위기 종의 사육시설을 지리적으로 분리하여 관리한다. 제2차 방어(Second Defense)전략으로 국내 계절별 질병발생 상황을 모니터링하고 있고, 국내 질병 발생 전후 방역대책에 대한 단계적 메뉴얼을 운영하고 있다.
우리나라와 일본에 사육되고 있는 황새의 사육 개체군은 각각 10개의 유전자 타입(Mitochondria DNA Haplotypes)으로 구분된다. 한국교원대학교 사육 황새들의 유전적 특성을 고려할때, 유전자 타입 5번과 6번이 가장 흔히 나타나며, 특히 유전자 타입 K1, K2 및 K3은 일본에 나타나지 않는 독특한 다수의 개체들을 포함하고 있다. 한국교원대학교와 예산황새공원의 황새 사육개체군은 최근 약 20 쌍을 포함하고 있다. 초기 사육 개체군의 설립과정에서는 번식 쌍의 자손은 10개체 이상 생산하여 왔다. 하지만, 재도입 과정으로 진입하면서, 다음과 같은 번식 프로그램을 통한 사육 개체군의 크기를 관리한다.
1. 산란된 알을 모형 알로 교체하여 자손의 수를 제한
2. 자손의 수가 10개체 이상 보유 번식쌍은 암컷과 수컷을 분리하여 사육
3. 사육 황새 암컷과 수컷의 가계도(Pedigree), 유전적 연관성(Relatedness), 이형접합성(Heterozygosity) 지수를 활용하여, 인위적으로 번식 쌍을 형성하여 자연번식을 유도